Највиши орган управљања Српске академије наука и уметности је Скупштина коју сачињавају сви редовни и дописни чланови Академије. Сазива се најмање једанпут годишње. У делокруг њеног рада и одлучивања улазе следећи послови: доноси Статут САНУ и одлучује о његовим изменама и допунама, утврђује програм рада Академије, утврђује предлог програма научноистраживачког рада у складу са законом који уређује научноистраживачку делатност, разматра основна питања рада Академије и одлучује о њима, бира чланове Академије, бира и разрешава председника, потпредседнике, генералног секретара и чланове Председништва, потврђује избор председника огранака САНУ и обавља друге послове одређене законом и Статутом САНУ.
Радна тела Скупштине Српске академије наука и уметности су: Управни одбор Фонда САНУ за истраживања у науци и уметности, Финансијски одбор и Комисија за задужбине.